Originaria dell'Africa, secondo il famoso esploratore David Livingstone l'anguria cresceva abbandonante nel deserto del Kalahari, dove forse ebbe origine. Ancora oggi, là, il frutto cresce selvatico ed è conosciuto come tsamma. Per gli abitanti del luogo è sempre stata una fonte preziosa d'acqua, oltre che di nutrimento.
Già 5000 anni fa dell'anguria si trovava menzione in geroglifici dell'Antico Egitto. Il frutto veniva posto nelle tombe dei faraoni, pensando che potesse aiutarli a ristorarsi nell'aldilà.
Nel X secolo d.C. l'anguria era già coltivata in Cina. In Europa si diffuse soprattutto a partire dal Seicento. Il pittore italiano Giovanni Stanchi, conosciuto soprattutto per le sue nature morte e i suoi quadri di fiori, la ritrasse proprio in quel periodo, ed è incredibile quanto appaia diversa a quella che conosciamo oggi.

Prima che venisse accuratamente selezionata, l'anguria aveva molti più semi. Il professore americano di orticoltura James Nienhuis spiega che le angurie di quattro secoli fa avevano già un ottimo sapore, ma erano meno rosse.

Prima che l'uomo si accorgesse di quanto fosse saporito, il rosso dell'anguria aveva inizialmente lo scopo di fungere da placenta per i semi, conservandoli e proteggendoli. La selezione delle angurie ci ha permesso di aumentare la quantità della polpa a discapito del resto. Secondo Nienhuis, in futuro l'anguria avrà ancora meno semi di quanti ne abbia oggi.